但李茂贞得寸进尺，依然不解除对长安的军事威胁，还是要求杀掉杜让能，他们才能返回凤翔。
宰相崔昭纬暗地里勾结李茂贞，不断给唐昭宗煽风点火，施加压力。唐昭宗无奈，只好赐令杜让能自杀，连同他的弟弟、户部侍郎杜弘徽也赐死。
朝廷还不忘给杜让能安一个罪名，说杜让能推荐的人不忠心，完全凭自己的喜好来推荐人，还说他买官卖官，搜刮很多钱财。
经过这一次兵变，朝廷更加忌惮邠州、岐州，朝廷官员和宦官很多都主动依附李茂贞、王行瑜。朝廷处理政务如果不符合李茂贞、王行瑜的意思，他们就上表指责，态度恶劣。
朝廷让李茂贞依然担任凤翔节度使，再兼山南西道节度使、守中书令。这样一来，凤翔、兴元、洋州、陇州、秦州等十五州之地，都归李茂贞所有。
而此前任命的凤翔节度使徐彦若，中途返回朝廷，改任为御史大夫。
唐昭宗又任命东都留守韦昭度为司徒、门下侍郎、同平章事。
御史中丞崔胤此时也被任命为户部侍郎、同平章事。此二人都成为宰相级别。
这崔胤家族显赫，他的爷爷崔从担任过唐文宗时期的左仆射（宰相级），他的父亲崔慎由担任过同中书门下平章事（宰相级），他的叔叔崔安潜也担任过检校司徒同平章事（宰相级）。
但这个崔胤内心阴险，工于心计，又善于阿谀奉承，他巴结崔昭纬，因此被推荐为宰相。他受父亲的影响，深恨宦官，后来他与朱温走的很近，想依靠朱温掉除宦官。他也因此屡次被罢官，均因朱温的支持东山再起，先后四次官拜宰相，当时人们称他为“崔四人”。
凤翔的李茂贞、邠宁的王行瑜对抗朝廷大获全胜，李茂贞获得了地盘，而邠宁节度使兼中书令王行瑜也请求封自己为尚书令。
宰相韦昭度对唐昭宗说：“唐太宗（李世民）以尚书令的职务执政，登皇上大位，从此以后没有再用此官职授给大臣。只有郭子仪以平定安史之乱的大功拜为尚书令，但他终身不接受。王行瑜怎么能索要此官职。”
唐昭宗认为有理，最终只授予王行瑜为太师，赐号尚父，仍赐免死铁券。
到了894年正月，李茂贞入朝时，竟然还带了很多卫兵前来，气焰很嚣张，数日后才回凤翔。
李存孝与养父李克用反目成仇后，自893年以来，李存信率领河东军一直把李存孝围困在邢州城内。
李存孝也在找机会反击，曾在夜晚偷袭李存信的营寨，俘获辽奉诚军使孙考老。李克用大怒，亲自引兵抵近攻打邢州，掘壕沟、修筑营寨，隔断邢州与外界的联系。
李存孝经常出兵袭击，致使壕沟难于顺利推进。河东军的牙将袁奉韬秘密派人劝李存孝说：“大王（李克用）待壕沟修成后就会回到晋阳，你忌惮的只有大王，诸将都不是你的对手。大王回去后，这几尺宽的壕沟，怎能阻挡你！”